治上一改前朝通病，那便是县以下便没有很好的管治，多是乡民自治。扈元朝在县之下还设了乡和村两级单位，乡长和村长一般也是由村民自己推选，不过朝廷加入了监察和政绩考核，同时也给朝廷俸禄，对县以下更小的地方行政也有效管治了起来。
同时三娘还设立了御史监察台，负责监察全国官吏，设立了宗正府管理宗室以及各级爵位的公侯们，设立宣政院管理天下教义，设立了宣慰司负责管理少数民族事务。而公孙胜、鲁智深、武松等出家人多被封了护国真人、国师等职位，便在宣政院内任职。
而一应女军们也在朝中设了官职，允许女子出任朝中官职，虽然朝廷允许女子出任官职，但真正在朝廷任职的也只是琼英、孙二娘、庞秋霞、顾大嫂等跟随三娘起家的女将，很少有女子真正通过科举考试做官的。直到后来三娘之子扈宗明继位后的第五年上，才正式有第一位元朝女子正正经经通过科举做官的，到扈宗明登基十年后才出现了第一位科举女状元，那都是二三十年之后的事了。