更是坚定了决心，特别是最后岳飞说的，方腊心中暗道：“驸马说的是啊，与其坐以待毙，不如放手一搏，真到了山穷水尽的地步，再想来赌，只怕也就没了机会。”
当下方腊定了主意，便召石宝前来，封为上将军，领杭州军马三万，从东南突围而出，往两浙路东南发展，准备攻略越州，便是今时之绍兴等地。
石宝领命后，自挑选将佐，带领军马便去了。黄文炳、武松、鲁智深便在帮源洞逗留数日，在娄敏中、方杰等人引见下，结交江南豪杰。数日后方才拜别群豪，回到杭州湾，登上三阮舰队。
到了三阮的私掠舰上后，黄文炳却吩咐三阮不必折回山东路，便在舟山一带三阮舰队的老巢之内先安顿下来，准备待方腊败亡后，出动去接应娄敏中等人。
黄文炳走后，娄敏中果然按照先前策划，便将杭州之内自己的心腹将领悉数调往帮源洞来，庞氏兄妹也在其列，岳飞、燕青、李逵等人都都到帮源洞来，同方杰一道掌握了帮源洞的方腊亲军。
却说石宝那里领兵突出，宋军一开始果然措手不及，被石宝连胜几阵，突出宋军的围困后，石宝挥军直指绍兴。绍兴此时唤越州，乃两浙东路首府，东南路宋军钱粮器械皆从此处而来，是以石宝打算打下此处就粮。
虽然宋军被石宝突然出兵而战败，包围圈被突破，但宗泽在越州留下的守军还是不少，而镇守越州的守将也是一代名将，便是时任宋军越州副将的韩世忠。韩世忠闻得方腊分兵来攻越州，便将手下仅有的三千军马集中起来，又号召城内军民百姓上城御敌，由于韩世忠镇守越州时，广施仁政，民众爱戴，更兼百姓饱受战火荼毒，早就对方腊义军失去了信心，是以转而支持官军。
于是韩世忠除了三千官军外，又募得五千青壮参战，韩世忠视形用兵，将精锐官军编为四队，便为救应，四面城池皆布人马驻守。又打开军需府库，犒赏士卒，分发器械，官军士气大振。
石宝兵马到来之后，猛攻越州数日不下，韩世忠百计退敌，石宝终不能克越州，随后四面宋军询问来援越州，石宝兵败越州城下，最后只率领五千残兵逃往处州等地。
再说石宝分兵去后，杭州兵马更显单薄，宋军那里童贯也为石宝一支兵马逃遁而暴怒，立时吩咐宋军进逼杭州。杭州方腊军马与宋军血战数日，但终究兵力不足，外围州县逐渐失守，宋军大举围攻，最终将方腊军马分割包围在杭州与帮源洞两处。
杭州孤城被围，宋军并力攻打数日，最终杭州失陷，右丞相祖士远只带数千人马杀出重围来，退回帮源洞。
却说方腊在清溪帮源洞中大内设朝，石宝领兵去后，方腊还期待着石宝那里能传来捷报，与文武百官计议宋军用兵之事。却不想只听见杭州兵败残军马回来，报说杭州已陷，尚书王寅、侍郎高玉俱已阵亡了。今宋兵作两路而来，攻取清溪。
方腊见报大惊，当下聚集两班大臣商议，方腊道：“汝等众卿，各受官爵，同占州郡城池，共享富贵。岂期今被宋江军马席卷而来，州城俱陷，止有清溪大内，石宝统兵向外，胜败未知。今闻宋兵两路而来，如何迎敌？”
当有左丞相娄敏中出班启奏道：“今次宋兵人马，已近神州，内苑宫廷，亦难保守。奈缘兵微将寡，陛下若不御驾亲征，诚恐兵将不肯尽心向前。”方腊道：“卿言极当！”
随即传下圣旨，命三省六部、御史台官、枢密院、都督府护驾，二营金吾、龙虎，大小官僚，“都跟随寡人御驾亲征，决此一战。”娄丞相又奏：“差何将帅，可做前部先锋？”方腊道：“着殿前金吾上将军内外诸军都招讨皇侄方杰为正先锋，马步亲军都太尉骠骑上将军杜微为副先锋，部领帮源洞大内护驾御林军一万